肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘手术以后会在恢复时间，大概在三周左右。具体恢复的时间不是固定的，要根据患者的免疫能力以及身体代谢情况进行判断，如果身体代谢免疫能力比较低下的情况下，通常需要三周左右能够愈合，身体代谢比较快的情况下，通常需要两周左右就会有所愈合。在做完肛瘘手术以后，要注意好下体的清洁，适当的进行清洁局部，避免出现细菌滋生。
一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。
如果是做手术，需要几十分钟的时间，肛瘘手术多长时间才能够恢复，要因病情而异、因人而异，比如体质好的人，可能一个肛瘘十几天就长好了，体质差的人可能得长20多天，30多天；好比说血糖高的，可能要长到两个月才能长好。
肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。