肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
避免挤压。保持肛周清洁卫生。多喝水，多吃蔬菜水果，忌辛辣等刺激性食物。治疗得当，保养得好，一般两周左右即可恢复正常。如两周后仍无恢复或病情加重，应到正规医院肛肠科检查就诊。
可以现在行肛瘘切开引流手术，治疗渗液的问题，也可以待瘘管疤痕化形成后形肛瘘再手术。手术是治好的好办法，浅表瘘可以用切开法。较深可以用挂线法。肛周脓肿，无痛，并有脓液由肛门流出，认为是较浅表的肛周脓肿。同时已形成肛瘘。
少数肛周脓肿药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。平时应该注意不吃辛辣刺激，注意局部卫生，饮食以清淡易消化为主，禁食辛辣刺。激性油腻食物，适当补充营养。
中医治疗肛周脓肿具有其独特的优势，但仅限于对早期肛周脓肿的治疗。中医以消法治疗为主，常用的方剂有仙方活命饮、五味消毒饮，同时配合清热解毒、止痛止痒的中药口服及金黄解毒膏外用，大多数患者可达到临床治好。
肛周脓肿初期可以使用药物试试，如果药物效果不好，必须要马上手术。肛周脓肿是因为细菌的进入，引发感染所造成的。而且肛周脓肿会疼痛难忍，要保持舒畅的心情，不要有太大的心理负担。注意休息，多吃水果蔬菜，还有一些粗纤维的食物。注意肛门处的清洁，保持卫生，以免感染加重。