卵巢囊肿如果疼会有小腹隐痛或者是坠痛，一般部位在卵巢囊肿的一侧，有的囊肿是生理性的，一般来过月经就会自动消失，并不是所有的卵巢囊肿都有感觉，不痛也很正常，早发现早治疗。
卵巢囊肿术后恢复时间与年龄、体质、囊肿严重程度等有关，囊肿手术属于破坏性手术，为完全切除，一般恢复相对较快。一般7天可出院。卵巢囊肿术后需进行适度活动，避免粘连。卵巢囊肿可进行腹腔镜微创手术，术后应用防止粘连的药物，利于术后康复。此外需注意补充营养，充分休息，勿食生冷食物，保持良好心情，定期复查。
怀孕前卵巢囊肿可能是由于体内激素的刺激，导致卵巢囊肿增大，但是怀孕初期不会出现卵巢囊肿疼痛。
怀孕初期受体内激素的刺激，只会使囊肿增大，而不会引起囊肿的破裂和扭转。如果是卵巢巧克力囊肿，怀孕后卵巢巧克力囊肿会慢慢萎缩，所以卵巢巧克力囊肿不会引起疼痛，反而会随着孕周的增加而逐渐萎缩变小，甚至有可能是怀孕后自愈。
一般情况下，如果出现了卵巢囊肿的情况，需要做彩超、妇科检查等检查。腹痛比较严重，有可能是由于卵巢囊肿扭曲、卵巢囊肿爆裂等原因造成的。可以到正规的医院进行手术，也可以口服一些药物，如布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片等，有较好的治疗效果。但是如果囊肿块比较大，里面装满了水，要注意观察，看看它会不会自己消退。如果是因为炎症导致的囊肿，可以服用一些具有消炎作用的药物，如阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒、头孢地尼片等。
一般情况下，卵巢囊肿疼痛可能是以下原因导致的：
如果一个卵巢囊肿低于5cm，就不会出现任何的症状。如果卵巢囊肿疼痛，说明是由于卵巢囊肿长的太大。当发生囊肿蒂扭曲时，会引起卵巢囊肿肿疼痛。如果是卵巢囊肿疼痛，患者可以遵医嘱口服桂枝茯苓胶囊进行治疗。如果卵巢囊肿比较大，必要时，患者可以通过手术的方式进行治疗。