治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。
通常情况下，可以通过心脏超声检查、心脏CT检查等方式来检查先天性心脏病。
心脏超声检查是一种简单而无创的检查方法，它能明确诊断出房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法洛四联症等先天性心脏病。还可以通过心脏CT等辅助检查来确诊先天性心脏病，同时还可以进行增强CT检查。心脏MRI动态血流检测有助于明确病因，如有复杂的血液流动异常。
通过牵引可使颈椎周围韧带呈牵张状态，扩大椎管及椎间孔。纠正脊柱内侧平衡失调，改变受压神经根的位置，消除或减轻神经根的受压和刺激，促进肿胀和炎症的吸收，缓解肌肉痉挛，从而达到治疗的目的。也可以采用中医方式治疗，适当的配合针灸、理疗、按摩，中药热敷等，配合颈部肌肉锻炼。
有先天性心脏疾病的人最好不要发脾气。
因为愤怒会导致体内的血液流动更加混乱，会对心功能和身体的健康产生不利的作用，如果心情不好就会导致大脑缺氧。有先天心脏疾病的病人，在婴儿阶段要注意不要哭泣，不要过度的愤怒和过度的疲劳，否则会导致宝宝的身体缺氧。
如果发现小孩患有先天性心脏疾病，需要尽快到正规的医疗机构做进一步的诊断，明确病因。
先天性心脏病分为以下几种类型：第一、左分流型，正常情况下体内循环的压力要比肺循环高，所以正常情况下左分流不会出现青紫，如果是剧烈的哭闹屏气或者是其他病理状态导致肺动脉或右心室的压力超过左心室的压力，可能会出现右向左分流，出现短暂的青紫，常见于室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭等。第二、右向左分流，由于某些原因导致右心室压力升高，使左心室血流由右向左分流，最常见的是洛氏四联症。第三种是肺动脉狭窄，主动脉缩窄，多是左右两侧动静脉之间没有异常通路或分流。
法洛氏四联症、房间隔缺损、肺动脉狭窄等先天性心脏病都会导致心脏供血功能不良，出现头晕、呼吸困难等现象，甚至出现紫绀、蹲踞等，尤其是在哭闹、活动后，这种情况会更为严重。因此，患有先天性心脏病的患者要及时就医，避免对身体的生长发育造成不良的影响。平时要注意休息，避免进行剧烈活动，并避免情绪起伏过大，以免引起不适。