通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
治疗小儿慢性肠炎看医生开药，吃药加调整饮食习惯，多吃一些蔬菜水果，避免吃一些零食以及生冷刺激的食物，平常要适当的锻炼身体，有助于改善症状。多给孩子做腹部热敷，腹部保暖。
大便不形成的失眠多梦是慢性肠炎。
慢性肠炎是患者病情反复发作，影响夜间休息，身体抵抗力下降，刺激患者焦虑、抑郁和情绪状态，导致失眠多梦。慢性肠炎不是大便不形成的失眠多梦的直接原因，但随着肠炎的治愈，失眠多梦的症状也逐渐缓解。同时，临床表明失眠多梦会加重慢性肠炎患者的腹痛症状。因此，在治疗疾病的同时，需要对慢性肠炎患者进行心理治疗和咨询。
应减少喂奶量和延长喂奶间隔时间，暂停或减少辅食。人工喂养者可暂给稀释乳、米汤等易消化食物，然后逐渐增加乳量。注意观察呕吐及腹泻物的性质并记录次数和量以及排尿时间和尿量。勤换尿布、勤洗臀部，预防尿路感染和尿布性皮炎。
孩子在小的时候，由于自身的调节还不完善，所以胃肠功能较差，建议可以给孩子增加有益的菌慢慢进行调理，一般可以调理过来，在平常饮食上多给孩子吃软的食物，不要吃不容易消化的刺激性的食物。
慢性肠炎是细菌，病毒，真菌或寄生虫引起的小肠和结肠的炎症。表现为腹痛，腹泻，稀水样便或粘液脓血便。小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。