神经外科是主治由于外伤导致的脑部疾病，例如车祸致脑部外伤，或脑部有肿瘤压迫需手术治疗等；神经内科主治内科病症，如老年痴呆、中风、脑梗死、蛛网膜下腔出血、脑出血、抑郁症等。
神经内科是一门独立的二级学科，主要治疗脑血管疾病，脑部炎症疾病，痴呆，羊痫风，脊髓炎，代谢病，遗传疾病，神经系统变性性疾病，重症肌无力，三叉神经痛等周围神经疾病。神经外科主治的是外伤导致的脑部脊髓神经疾病，比如脑出血，车祸导致的脑外伤，脑部肿瘤，脊髓横断伤，脊髓半切综合征等。
神经外科针对的疾病，包括颅内良性肿瘤或者恶性肿瘤，例如胶质细胞瘤以及需要手术的羊癫风病，需要手术的血管畸形，需要手术的脑动脉瘤，脑外伤之后硬膜下、硬膜外血肿达到了手术的程度等都属于神经外科疾病。
神经内科与神经外科区别在于治疗的主要疾病不同，治疗的手段也不同。神经内科主要治疗脑梗死，脑出血，后循环缺血，头晕头痛，癫痫，脑炎，周围神经病，面瘫，失眠，重症肌无力，多发性硬化，脊髓炎等，治疗手段是内科药物治疗。神经外科也治疗脑梗死，脑出血，但仅限于大面积脑梗死需要去骨瓣减压时，或者大量脑出血需要开颅行血肿清除术时，此外，脑肿瘤，脑外伤，脑血管畸形都是神经外科疾病，治疗手段以手术为主。
神经内科属于内科的二级科室，主要包括脑血管疾病，癫痫，帕金森病，周围神经疾病，脊髓病变。神经系统变性性疾病，神经系统感染性疾病，神经系统脱髓鞘性疾病以及由于其他科室疾病引起的神经病变，比如糖尿病周围神经病变。