扁平疣主要危害是影响美观。
部分病人因为HPV十六、十八型感染，后期出现鳞状细胞癌可能性比较高，如果扁平疣已经确诊，建议积极处置，尽快祛除疣体，并且要进行HPV的病毒分形，判断何种类型的病毒，如HPV六型、八型，此种情况发生鳞状细胞癌的几率比较低。
建议患者可以采取冷冻、激光或者局部涂药的方式来去除，疗效都是不错的。平时注意饮食，避免辛辣刺激的食物。
治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
扁平疣患者平时饮食建议宜清淡，多吃新鲜蔬菜水果，扁平疣患者还可以选择将荸荠削去皮，用其白色果肉摩擦疣体，每日3～4次。每次摩擦至疣体角质层软化、脱掉，微有痛感或点状出血时为止。
扁平疣是一种常见的疣病，可以用针灸的方式来进行治疗，比如针灸阿是穴、曲池、合谷等。
临床上治疗疣病以疏风化湿、排毒消肿为主。可以选择阿是穴、曲池、合谷等穴位来进行调理。刺疣疮主要应用于局部的阿是穴和出血，具有解毒散瘀的作用；曲池、合谷具有疏风散热的作用。针灸以上穴位，通常可以有效治疗扁平疣。
在日常生活中，患者应注意个人卫生，勤换衣物，保持清洁，防止细菌感染。
腋下长扁平疣并没有什么危害。
大部分扁平疣对身体健康的影响很小，主要是在美观方面的影响。但是需要注意的是扁平疣属于病毒感染，病情的轻重和患者自身的免疫力息息相关，如果患者的扁平疣久治不愈或反复发作，也是间接提示患者的身体素质比较差、整体健康状况不佳的信号，可以去医院做系统的体检排查其他疾病，比如病毒性肝炎、HIV等。
建议在生活上要注意休息、适当锻炼，提高自身的抵抗力，不和他人共用毛巾、脸盆等生活用品。