一般情况下，引起慢性直肠炎的病因有很多，应在辩证的基础上，明确病因，根据病因，对症治疗。
口服药物有时候是中成药，有时候是中草药熬制成汤剂，中成药用的比较多的是肠炎宁，归脾丸，补充益气丸等。中草药一般是具有清热解毒，消肿散结，消炎止疼的功效，临床上比如黄连，黄芪，党参，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中药煎汤灌肠治疗。取足三里、上巨虚、天枢穴、合谷穴等穴位。
一般情况下，慢性直肠炎可以用使用药物治疗或者手术治疗。具体分析如下：
通常来讲，慢性直肠炎的治疗上，可以选择直肠给药，可以局部使用美沙拉嗪联合糖皮质激素保留灌肠法。在药物选择上，可以使用复方谷氨酰胺肠溶胶囊、匹维溴铵等药物来治疗，防止细菌或病毒对肠黏膜造成的损坏，还可以缓解肠痉挛。此外，治疗期间，患者需要清淡饮食为主，避免高纤维、辛辣的食物的摄入，不要焦虑、紧张，避免植物神经功能紊乱。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
引起直肠炎的由于长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良。夏季很容易引发直肠炎，直肠炎轻者仅粘膜发炎，重者炎症累及粘膜下层、肌层，甚至直肠周围组织。直肠炎病症不同会有所不一。
慢性直肠炎不治疗，很少能自己好转。慢性直肠炎以血便，排便不畅，腹痛为主要症状，可以使用抗生素及调节肠道功能的药物，平时给予低脂，易消化，少渣易消化饮食。做到心情愉快，营养丰富，劳逸结合。
中度慢性直肠炎也可以选择中药灌肠，效果明显，西医治疗主要是抗感染促进胃肠蠕动，必要的营养支持，慢性直肠炎的一定要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，注意休息，清淡饮食，保持良好情绪。
慢性结直肠炎由于病因不明，病程长，反复发作，故在治疗上亦十分棘手。中药理气舒肠方治疗：应以健脾补肾、益气除湿为治本之法，合适药物，活血化瘀为治标之用，辨证施治，最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针如麦注合适药物、合适药物等静滴以扶正。