需要做B超检查，腹腔镜检查，MRI检查，CA(卵巢癌相关抗原)值测定等检查，做阴道超声的时候也会发现盆腔里面卵巢上有囊肿，但是这种卵巢的囊肿往往跟生理性的囊肿不一样，有血供、有不均质的回声。
巧克力囊肿穿刺后是要做手术标本检查的，在术后要避免着凉感冒，要注意自身的保暖，调整自己的情绪，保持一个乐观开朗的心态，可以使生体的免疫力也正常，要禁止所有的剧烈运动以及重体力的工作，饮食吃些容易消化和吸收的食物，食用适量的水果和蔬菜以提高自身的抵抗力，不要食用容易胀气的食物。
怀疑巧克力囊肿需要去医院做彩超检查，巧克力囊肿是子宫内膜移位到卵巢导致的。其主要临床表现是痛经，部分病人不孕。巧克力囊肿是良性病变。巧克力囊肿可以推后的，要看囊肿大小，囊肿不超过5厘米大，保守治疗，不必做手术。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿切除术前要检查白带，克力囊肿手术前需要做的检查很多，如：血常规、尿常规、便常规、血型、血凝四项、肝肾功能、乙肝五项、离子的生化检查、梅毒、艾滋病、丙肝、肿瘤四项、胸腹透视、心电图、盆腔彩超、妇检、白带常规检查等。
做，巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。要结合临床病史综合性的分析，这种病人常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的病人，在临床上会有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。