卵巢囊肿可以采用微创介入疗法来治疗，是在超声等影像设备引导下直接穿刺到病变组织，注入药物，使病变组织迅速脱水，变性坏死，萎缩纤维化的方法。其特点是显示病灶准确，实时超声监测可以准确显示病灶的精确部位，找到进针点，确定进针的部位，角度，方向和深度，同时显示人体不同解剖层次，保证不刺破重要器官，血管和胆道，操作简便，迅速。
若卵巢囊肿体积比较小，可以用活血化瘀药物，体积比较大，到正规的三甲医院妇科检查及手术治疗，平时多喝水，适当加强营养，不要吃辛辣食物，注意休息，注意外阴部的卫生，若暂不手术，要按时复查，出现不适随时就诊。
中医认为卵巢囊肿主要是由于气血亏虚，湿热邪气结聚所致，西医主要采取手术治疗，会造成一系列后遗症，中医中药长期临床实践积累了很多非常独特的治疗方法，采用可以快速清除湿热邪气，消散郁结，补气养血的传统中药配合治疗，从而使气血双盛，标本兼治，达到快速治疗卵巢囊肿的目的。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿一般是滤泡囊肿和黄体囊肿直径不超过5厘米，观察2到3个月后会自然消失。病理性囊肿为卵巢肿瘤，因为卵巢肿瘤有恶变的倾向，一旦确诊，应该积极的手术解决。目前的治疗方法就是采取腹腔镜下卵巢肿瘤剥除。
卵巢囊肿的治疗以手术疗法为主，治疗方式取决于年龄、病变的性质，还有卵巢囊肿的部位、体积大小、生长速度，还有是否需要保留生育功能，这些因素决定的。针对良性的卵巢囊肿，手术治疗。就是卵巢囊肿切除术，年轻的，尤其是绝经前的人，都采用这种方法，尽可能的保留正常的卵巢组织。另外，输卵管卵巢的切除术。年龄较大，45岁以上的或者绝经后的都采用这种方法。
