年轻，有生育要求者一般选用保守性手术，只切除病灶，保留子宫及附件(尽量保留双侧)。对于一些无生育要求，病灶严重，且年龄在45岁以下的女性朋友，可以选择半治疗手术，尽可能保留一侧正常的卵巢组织，而全切子宫和病灶，术后复发率低，后遗症少。
子宫内膜异位症不孕可用药物治疗，采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
子宫内膜异位症之所以发生不孕，是由于异位的子宫内膜发生周期性出血，血液不能外流，刺激盆腔腹膜，发生粘连，形成疤痕，使输卵管受压梗阻；或使输卵管浆膜粘连成束、扭曲，从而影响摄取卵子的作用。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，定义为子宫内膜组织生长在子宫腔以外引起的病症，所以不会是不孕症。如生长在子宫肌层、卵巢或盆腔内其他部位，约有50%左右内异症伴有不孕症，其常因病变造成盆腔肿块粘连、输卵管堵塞或者是卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起。其主要的临床表现为痛经、月经不调、性交疼痛。
最初认为诊断是子宫内膜异位症。子宫内膜异位症导致不孕是由于月经失调，会导致卵巢出现排卵的障碍，再者可能是输卵管堵塞的问题引起的，出现病情要及时的对症治疗，积极配合医院的治疗，不要拖，孕前要做好身体检查。
子宫内膜异位症导致不孕是可以治的，子宫内膜异位症导致不孕的原因是子宫内膜异位有卵巢功能障碍表现，不排卵或者是排卵障碍这都直接导致了不孕的发生，另外子宫内膜异位症，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起。