肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
肛瘘一旦形成比较好的方法就是手术治疗，肛瘘手术最主要的就是找到内口和清除腐肉，才能够治好，否则复发的几率还是比较大的，要找正规大医院进行治疗，平时注意个人卫生。
肛瘘不能自愈，要手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上缝合。也可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
术后病人不宜禁食，应给软质普食，不要由于恐惧大便时疼痛而禁食或少食，只有正常饮食，才能保持大便正常，才能使肛门括约肌有效地收缩与扩张，防止肛门狭窄。忌食有刺激性的食品，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。由于辛热之品易使肠胃产生湿热，浊气瘀血下注于肛门而复发。
引起肛瘘的原因，是因为人体内的湿热，平时要保持健康的饮食习惯。可以手术治疗，不食油腻、湿气重的食物。饮食应以清淡为主，多吃绿色蔬菜，多吃富含蛋白质的食物，养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁。