肛瘘的症状就是局部会有一个很明显的破溃的外口，而且随着它的炎症的加重，外口的地方会经常有脓反复的流出或者冒出来，造成了肛周的潮湿，不洁，反复的瘙痒的情况非常的严重。而且随着病人的饮食不洁，可能还会出现这种局部肿痛、胀痛，伴随全身发烧的这种急性感染的症状。
肛瘘的症状可有肛门流脓，肛门肿痛，肛门有肿块，会排便困难，贫血，神经衰弱等。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。
肛瘘又称肛门直肠瘘，主要症状包括局部的流脓，往往在肛周特定部位会反复流脓及出现局部肿胀，还可自行触摸到有很明显的条索感，常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。
肛周脓肿术后形成肛瘘的症状有瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。肛瘘最大的不良恶果是癌变，口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能完全治好肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能完全治好肛瘘。
肛瘘手术后复发是临床上并不罕见的一个现象，内口处理不当、肛门腺处理不当、瘘支管及其瘘空腔清除不彻底就好引起复发，必须进行降糖治疗，只有这样，才可能取得良好的治疗效果。