卵巢巧克力囊肿有癌变的可能。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成，对于卵巢的巧克力囊肿，恶变的可能性比较少见。临床上有一些情况，需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，卵巢巧克力囊肿的直径比较大，直径大于10cm，需要考虑有卵巢巧克力囊肿恶变的可能。
巧克力囊肿癌变的几率非常小，一般是子宫内膜异位造成的，但是可能会影响生育，所以出现巧克力囊肿需要及时的手术，去正规大医院手术，大医院的医生相对经验丰富，设备比较先进。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，即子宫内膜异位于卵巢，该病属于良性的妇科肿瘤，是不会引起癌变的。只有极少数病人，因为身体虚弱，体质免疫力下降等原因，巧克力囊肿很多年不恢复，会有发生癌变的几率，而引起卵巢癌，但是这样几率很小，不会超过1%。再就是临床上巧克力囊肿病人会引起痛经，并且会进行性加重，是会进行治疗的，治疗后可以恢复，所以不会引起癌变。
巧克力囊肿是不会癌变的，因为巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢当中，而且随着月经周期的变化，定期出血所造成的临床现像。所以不会癌变，并且表现为痛经，下腹部疼痛，或者有人会因为病灶在卵巢上影响卵巢排卵障碍，而导致不孕不育。手术治疗。绝经以后，病灶内的子宫内膜也会萎缩，症状消失。
巧克力囊肿是妇科常见的良性病变，不是癌变，所以无需过度的紧张，但也需要引起重视，巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症造成的，所以发现囊肿，当囊肿超过5cm以上必须及时手术，不能长在体内。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。