巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
性交疼痛，当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜，或卵巢粘连在盆底时候，都可能产生性交疼痛。巧克力囊肿患有不孕，大多是因为病变造成盆腔粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起的。
痛经：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。