巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上，在卵巢的部位随着月经周期的改变也发生周期性的变化，久而久之就形成了一个囊肿，囊肿的内容物就是类似于月经颜色的陈旧性的血液，因此而得名为巧克力囊肿。所以在治疗上首选的应该是手术治疗，术后还要后续的应用相关的药物来预防巧克力囊肿的复发。
内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾，就容易堆积在宫腔内，而不能经由阴道排出，长期这样，就有可能触发巧克力囊肿。
导致巧克力囊肿的原因有内分泌失调影响及多次分娩或流产，内分泌紊乱是导致巧克力囊肿最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄。多次分娩或流产会导致子宫内膜粘连，引起子宫内膜碎片排出不畅导致。
巧克力囊肿是比较常见的一种妇科疾病，巧克力囊肿多久形成的需要因人而异，有的在半年左右形成，有的在一年左右形成，这种疾病主要是由于生完孩子之后，或者是人流手术之后没有做好个人卫生工作而造成。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。如果囊肿较大超过5厘米，需要行手术治疗。手术后要适当下床活动，防止肠黏连，同时要加强营养，增加蛋白质的摄入，有利于伤口的愈合，平时要加强个人卫生，保持会阴部清洁干爽。
不健康的饮食习惯会导致巧克力囊肿的发病，经常吃激素类的食物会导致巧克力囊肿发病，另外内分泌失调会导致巧克力囊肿的发病，这种疾病的诱发原因比较复杂，还有一种多次做人流会导致巧克力囊肿的发病，多次做人流不仅会影响到女性的子宫和卵巢健康。