甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
不是所有甲状腺囊肿都需要治疗，而是要根据甲状腺囊肿的大小和形态而定。
一般甲状腺囊肿的诊断主要通过超声，即颈部彩色多普勒明确诊断。微小囊肿如3-4mm囊肿，无需进一步治疗，只需临床观察，无内分泌影响，无压迫局部胀痛的情况下只需每半年或一年进行颈部彩色多普勒，观察囊肿是否变大即可。对于较大囊肿，如给患者带来局部不适及压迫感，则需切除手术。如果确认为良性甲状腺囊肿，可以进行局部切除。而如果确诊为恶性甲状腺囊肿，则需要进行根治性甲状腺切除手术。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺囊肿大多不会自行治愈。
甲状腺囊肿的形成原因有多种，但最主要的原因与碘代谢有一定的关系。由于长期缺碘、甲状腺滤泡潴留，这种情况补碘可能消失。另一种是结节性甲状腺肿的囊性病变。形成的原因是甲状腺局部血供不足，囊肿逐渐形成囊壁，该囊肿完全消失的可能性降低，可行射频消融术或手术切除治疗。甲状腺囊肿大部分都是良性的，出现了甲状腺囊肿，应该要进行甲状腺功能的检查。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。