甲状腺功能减退的治疗方法是甲状腺激素替代治疗，但在开始治疗前，必须确定这种甲状腺功能减退是否是永久性疾病。亚急性甲状腺炎后甲状腺功能减退一般为短暂减退，无需立即开始治疗。
另外，对于药物性甲状腺功能下降，停药后甲状腺功能逆转，无需立即进行药物替代治疗。对于永久性甲状腺功能减退患者，治疗目标是将血清促甲状腺激素水平维持在正常参考值范围内。治疗药物选择左旋甲状腺素片，治疗起始剂量因人而异。
甲状腺功能低下大致可以这样吃：
1.应该吃缓解甲状腺功能下降的药。临床用药种类为西药和中药。西药主要选择左甲状腺激素片治疗，这是一种甲状腺激素。中药主要是摄入能补充甲状腺激素的药物。例如昆布、海带、海藻；
2.甲状腺功能低下也可以选择吃食物来缓解。这类食物的选择主要以高蛋白食物为主，包括肉、蛋、牛奶，可以选择富含维生素的新鲜蔬菜和水果。同时，可以多吃紫菜、海鲜、海鱼、海蟹、虾等含碘丰富的食物。
甲状腺功能低下就是平常所说的甲减，引起甲减的病因不同，症状也有所不一样。部分病人因为甲状腺切除手术以后引起的甲减，部分病人是因为桥本氏甲状腺炎所致，部分病人则是因为药物引起甲减。甲减的症状主要包括怕冷、心动过缓、少言懒语及情绪低下，也有部分病人出现抑郁症，还有贫血、月经紊乱、纳差、腹胀、皮肤粗糙、脱发、心衰、心功能不全及浮肿等症状。
甲状腺功能低下是由于甲状腺激素分泌不足导致的。需要终生使用替代药物替代治疗。平时注意饮食以多维生素、高蛋白、高热量为主。不宜过食生冷食物。定期的复查甲功，注意预防感染，按时使用药物。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。