非淋性尿道炎通常使用大环内脂类、四环素类、喹诺酮类药物来进行治疗。
非淋性尿道炎是一种因为支原体、沙眼衣原体等导致的性病，建议及时去正规医院，在医生指导下规律用药，比如左氧氟沙星、莫西沙星、罗红霉素、阿奇霉素等药物，具体用药谨遵医嘱。
治疗期间避免性生活，防止交叉感染。
小便刺痛是指排尿时感到尿道、膀胱和会阴部疼痛。其疼痛程度有轻有重，常呈烧灼样，重者如刀割、轻者如针刺。小便刺痛常见于尿道炎、前列腺炎、前列腺增生、精囊炎、膀胱炎、尿路结石、膀胱结核、肾盂肾炎等。临床上男性小便刺痛有可能是非淋菌性尿道炎，为男性生殖系统的感染疾病，主要感染因素为个人卫生不洁。
龟头流脓一般多见于龟头炎等导致，可以到医院外科就诊检查，根据病情采取清创消毒治疗，然后选择消炎药治疗。另外可以做一下尿常规等检查，如果是细菌感染，可以使用药物类等消炎药治疗，注意多喝水，不要吃辛辣食物，暂停性生活，不要喝酒。
尿频、尿急、尿痛考虑尿路感染，完善尿常规及沉渣定量、尿培养等明确诊断，据药敏选择敏感抗生素足疗程抗感染治疗，适当多喝水，促进尿液排出，冲刷尿道，避免久坐，注意局部卫生。
应根据病原菌的种类及对药物的敏感性有针对性地选用2～3种药物联合应用，疗效较好。待症状完全消失、尿液检查正常、细菌培养阴性后用药应持续7～10天方可停药。辅助治疗，急性期应多饮水，以增加尿量，对尿道有冲洗作用。有尿频、尿急及尿痛时，可服用解痉药物。局部治疗，适用于慢性尿道炎，急性期禁忌。尿道扩张术。尿道内灌注药物。内镜电灼术。
尿道炎在中医的治疗上常用的药物有：木通，萹蓄，车前子，滑石，茯苓，泽泻，大黄，栀子等，同时还需配合抗生素抗感染。尿道炎多由于湿热侵犯下焦引起的。治疗的同时也要多饮水，勤排尿，按时休息，清淡饮食，勤换内裤。