肛瘘手术不复杂，是肛肠外科常见的手术之一，手术时间一般在50分钟左右（如果就一个瘘）还可能是挂线手术后平躺3个小时左右，麻药过了之后就比较疼，手术后头一次大便可以用些泻药，这样会不痛苦，多喝水，另外还要按时换药。
复杂性肛瘘在肛肠科中是属于大手术的，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。肿痛：一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。