直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
造成直肠炎的原因有慢性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、慢性非特异性结肠炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。饮食不慎、过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。
直肠炎绝大多数都是因为不良的饮食习惯引起的。刺激性食物。便秘大便干燥。刺激直肠就会出现这种症状。清淡饮食，忌食辛辣刺激性食物。保持大便通畅，可以适当口服一些润肠通便的药物。采用中药灌肠，药物直达病灶，效果会更好一些。
慢性细菌感染可能会延迟，导致直肠炎。有痔疮、肛裂、毛囊炎等疾病，长期刺激肛周皮肤，也会引起直肠炎逆行。有不洁性交史、有不洁性交史、有多个性伴侣或肛交史的人，如果长期受到摩擦刺激，也可能得直肠炎。