肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
蒜头是不可以治疗肛瘘的，对肛瘘的病人来说，是不会有什么有利的作用的，只会加重病人的病情的，会导致病人出现大便干燥的症状的，病人是不可以吃一些辛辣的东西的，其中也包括大蒜，还有一些调味品。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
肛门感染：肛瘘是会出现感染和发炎，在出现肛门疼痛和肛门感染，流出的脓水不仅是会污染内衣的，同时脓液也是会刺激肛门的皮肤，这是肛门就会出现剧烈的瘙痒，长此以往是会导致身体出现消瘦，精神不振和抵抗力降低。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。