卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
左侧卵巢囊肿，如果患者的囊肿已经确诊为病理性囊肿，可以在医生指导下通过手术治疗，如开腹手术、腹腔镜手术等。腹腔镜的手术损伤比较小，身体恢复得会快一些，但手术得费用也会相对较高。建议患者在手术后需要将剔除的囊肿送病理化验，并定期复查，了解自身身体的恢复情况，因为如果患者得囊肿属于卵巢巧克力囊肿，复发性会比较高。
右卵巢囊肿的治疗方法有手术切除。囊肿直径小于5～6cm者，可观察3～6个月，如继续增大，或肿瘤直径虽小于5cm，但为实性肿瘤，均应手术切除。不过手术切除后易复发，易继发盆腔炎、不孕症等。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
卵巢囊肿是卵巢的良性肿瘤，它的治疗办法要看卵巢的囊肿大小。如果超过5cm的治疗办法是要考虑腹腔镜下微创手术，做卵巢囊肿的剥除手术。因为卵巢囊肿直径一旦超过5cm，容易形成卵巢瘤蒂扭转或者破裂，形成妇科急腹症，也是需要及时开腹进行急诊手术的。
对于左侧卵巢囊肿，如果直径小于五厘米，并且没有合并任何不适症状，肿瘤指标在正常范围之内，在月经干净之后复查妇科彩超。对于卵巢囊肿直径大于五厘米并且是持续存在的，尽快安排手术治疗。
