性功能障碍主要是指性欲改变的存在，从勃起功能障碍到射精障碍的存在，可以通过心理治疗、药物治疗的方式进行处理。
阴茎不能完全勃起或虽有部分勃起但持续时间过久，甚至发生性交困难。性功能障碍中以勃起功能障碍，早泄最为多见，对勃起功能障碍、早泄等，许多病人绝大部分由心理性因素引起。目前，大多数男性在性生活中都会出现阳痿现象。临床上可采用心理治疗或药物疗法来进行治疗，如心理治疗主要是放松心情、消除紧张情绪，药物则是通过增加性欲而达到目的。可考虑口服药物治疗，药物通常建议使用西地拉菲，法地拉菲和他达拉非。另外还要注意避免使用其他影响射精功能的药物。此类药物为选择型的五型磷酸二酯酶抑制剂，此类药物能迅速提高男性患者阴茎勃起，还能使阴茎保持插入阴道，完成合理性交。
性功能障碍主要有阳痿、早泄、性欲减退等。引起这些性功能障碍的原因有很多，首先要做好检查，明确原因，然后选择药物治疗，比如抽血化验性激素水平、阴茎血流多普勒检查、龟头神经敏感度等。如果性激素水平下降，可以服用11酸睾酮胶囊或者金匮肾气丸、八味益肾丸等补肾益气的药物。如果出现阴茎海绵体充血功能障碍，可以服用红景天胶囊、血栓通片等药物，治疗2-4周。如果龟头过于敏感，可以使用盐酸达克罗宁治疗一个月。
治疗轻微性功能障碍，可以选择药物治疗配合物理治疗方法，选择适合自己的药物，再加上用电动按摩器可以促进男性射精，使用振荡器、阴茎模型可增加女性的刺激等方法进行治疗。
通常情况下，性功能障碍患者心理治疗效果不错。
有针对性功能障碍的病人，一般都是因为心理因素导致的性功能障碍，这些病人一般都是没有器质性病变的。所以有针对性功能障碍的病人，如果是心理原因引起的，一定要接受正规的心理治疗。针对这部分患者，往往是因为性经验不多，性技能不强，或者性经历过失败，心理上会产生一些负面的情绪和压力，从而导致患者出现勃起功能障碍、早泄等性功能障碍，及时进行正规的性心理治疗。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。