生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒治疗，治疗的主要的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程，以及防治一些继发性的感染。要保持局部的干净和卫生保持干燥的一个状态，每天可以用等渗的生理盐水清洗，如果明显疼痛的话，可以口服一些止痛的药物，如果合并细菌感染的话，可以外用抗真菌软膏。平时要注意卫生。
生殖器疱疹这种疾病不仅极难以治疗，而且还很容易复发。治疗需引起重视。目目前治疗生殖器疱疹的方法有许多种，及时去正规医院接受科学规范治疗。饮食上要注意的就是避免食用一些辛辣刺激性的食物，大葱、洋葱、一些容易造成刺激的食物都不要吃，注意尽量避免烟酒刺激。
生殖器疱疹属于二型疱疹病毒感染，它的治疗方法可以选用抗病毒治疗。可以口服相关药物，同时使用相关药物进行辅助治疗。如果皮肤没有破溃，可以使用相关药物进行擦洗，可以有效的止痒。如果皮肤出现破溃，可以使用相关药物或抗菌素乳膏进行涂擦。保持局部干燥卫生，换下来的内衣用热水煮沸，在阳光下暴晒以后再穿。
生殖器的疱疹是由于疱疹病毒的感染导致的，之所以有的患者会出现复发主要是由于治疗的不彻底导致的，所以若是治疗的完全，或者疾病处于早期就被及时抗病毒治疗的情况下，那么可以完全的清除病毒的。
中医主要是给开一些健脾利湿、清热解毒和养肝滋肾、滋阴清热的中药治疗。当出现局部的感染后，要及时用消毒水清洗局部避免局部的搔抓，不可用刺激性太强的药品。患病后需注意预防感冒、着凉、劳累，以减少复发。治疗期间禁房事。
生殖器疱疹一旦确诊以后，一定要及早的治疗，后期治疗可以通过手术激光和药物等方法治疗。所以需要及时进行治疗，治疗过程中千万不要盲目用药，如果自己盲目用药物进行治疗的情况下会阻碍生殖器疱疹痊愈的进程，因为盲目的用药会导致病症无法被消除，久而久之会使的生殖器产生耐药性从而让治疗变得更加困难。甚至还会引发癌变的可能。