目前我国儿童肾小球肾炎发病率较低，治疗主要根据致病原因、疾病类型、病情严重程度。
目前治疗肾炎的药主要有：免疫抑制剂、抗感染药、利尿剂、降压药、降脂药、抗凝药、血小板聚集药、保肾排毒药等，医生根据患者的具体情况及化验指标变化调整药物种类和剂量。急性期患者要卧床休息，症状明显的患者卧床4-6周，血压平稳、水肿消退、肉眼血尿消失、尿常规及其他检查正常后可逐步活动。
轻度系膜增生肾小球肾炎能治疗，系膜增生性肾炎的治疗要针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。
肾小球肾炎治疗首先要从抗感染治疗入手，有原发性疾病应当首先治疗原发性的疾病。如果患者伴有高血压或者心力衰竭，应当做降低血压的处理，然后再清除水钠的潴留，还要降低患者的血容量。
肾小球肾炎分为急性肾炎、慢性肾炎和急进性肾小球肾炎。急性肾炎多与上呼吸道感染密切相关，感染控制后，注意卧床休息、加强营养及维生素的摄入，可完全治疗。慢性肾小球肾炎无法治疗的，且缓慢进展，需长期服用药物进行治疗，延缓肾脏损害的发生。急进性肾小球肾炎多与免疫性疾病密切相关，需应用糖皮质激素及免疫抑制剂强化治疗，甚至需肾脏替代治疗，部分可治疗，部分转化为慢性肾小球肾炎。
慢性肾小球肾炎是一种慢性疾病，病情会缓慢进展，最终可能会发展为慢性的肾衰竭，是没有办法治愈的。因此对于慢性肾小球肾炎的治疗，主要治疗目的是以延缓或者减慢肾脏损害的发展，也就是使肾脏损害进展的慢一点，肾功能维持相对的稳定，所以并不以减低尿蛋白为主要目的。
慢性肾炎的肾小球治疗主要是抗感染治疗，有些还可以使用糖皮质激素进行治疗。应注意定期复查以监测肾功能的变化。一些病人可能患有肾功能损害。保持局部清洁卫生，避免上行感染，注意多喝水，多排尿，有利于疾病的恢复，饮食清淡。适当运动，按时休息，不要熬夜。