肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
流脓较多，有粪臭味，色黄而稠，有时有粪便流出；有手摸能摸到条束状的硬管，时间较久，则脓水渐少，呈间歇性流脓这些症状消失，平时需要增加纤维性食物，多摄入果蔬、多饮水，改变不良的排便习惯。其次：避免久坐久立，进行适当运动。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。