手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿的手术费用在5千元-6千元，巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，是最不易治疗的良性肿瘤。到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而手术又不适合想要生小孩的女性，这么棘手的疾病却拥有一个很讨巧的名字：巧克力囊肿。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，应该选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。还能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。坚持慢跑能促进人体新陈代谢，可以帮助身体排毒，可以提高自身的免疫功能，帮助治疗疾病，慢跑是一项非常健康的有氧运动，坚持慢跑可以加速血液循环，加速身体排毒。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
