由于病毒、细菌、真菌等不同的原因引起的，起病因是比较复杂的，是中枢神经系统的严重感染性疾病。还有可能是遗传的原因，家族里一发现有此类疾病的人，就会遗传给下一代。
中医治疗：但传统中医治疗脑炎后遗症疗程很慢，效果不是很理想，长期下去会造成有些患者体质的一定副作用。一般治疗及对症治疗：护理、降温、止惊以及呼吸衰竭等处理可参照乙脑的治疗。
碱性食物对改善大脑功能有一定作用。豆腐、豌豆、油菜、芹菜、莲藕、牛奶等。镁能使核糖核酸进入脑内，而核糖核酸是维护大脑记忆的主要物质。豆类、荞麦、坚果类、麦芽等含有丰富的镁。
中医针灸：中医针灸疗法的道理是经由过程内部刺激，促使大脑皮质高兴，让处于休眠状态的脑细胞再次活泼，从而使其到达失常的推陈出新功效。细胞修复疗法：是将必定数目的神经细胞，经由过程静脉、动脉、脑脊液或脑构造等道路，移植到患者的脑部构造。
脑炎后遗症的治疗包括康复训练，药物治疗，中医中药以及必要的手术治疗等。首先应该进行康复治疗，包括认知功能训练，主动和被动的肢体锻炼，另外应该联合心理医生进行心理干预治疗。