怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
心脏核磁共振可以检查心脏肿瘤，先天性心脏病，心肌病，冠心病，瓣膜性心脏病等。心脏核磁具有良好的组织分辨能力，可以评价心脏的位置大小，心室壁的厚度，心室腔的大小，心房和主动脉根部的内径，心包的结构以及心脏相邻脏器的关系。
烤瓷牙通常会影响核磁共振检查的结果，但是也要根据检查的部位是否在烤瓷牙的附近而定。脖子酸胀多数会给生活带来很大的不便，可以做核磁共振进行检查，核磁共振通常有多方位成像的特点，能更准确的诊断疾病，如果嘴里装有烤瓷牙，而检查的部位则在颈部，所以通常是不会对成像结果造成干扰。做核磁共振前尽量不要太过紧张，以免影响检查的结果，平常饮食也尽量不要吃辛辣刺激的食物。
孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
