双肾多发性囊肿，如果没有影响肾功能是没问题的。但是如果影响到肾功能的话，因为囊肿是多发的，又不好切除，影响到肾功能的话，比较难处理。肾结石通常可以通过药物以及手术碎石去掉石头。只要及时处理，不要因为结石梗阻出现肾衰的话，不会有生命危险的。
肾囊肿和肾结石是两种疾病，都是良性的。肾脏囊肿性疾病，是以肾脏出现内覆上皮细胞囊肿为特征的囊性疾病。囊肿可有单个或多个，内含液体或半固体碎片，多为遗传性，也可为后天获得性。肾脏囊肿分为单纯性肾囊肿、成人型肾囊肿、获得性肾囊肿。肾结石是晶体物质在肾脏的异常聚积所致，为泌尿系统的常见病。
肾结石加肾囊肿可能严重，也可能不严重。
一般来说，肾结石可以是很重的，也可以是轻的，比如肾囊肿，如果体积很大，并不会太严重。囊肿有可能是因为囊肿有炎症，或是有很大的。一些肾脏脓疡伴有炎症，会有高烧，高达39~40℃，重则会导致感染，危及性命。肾结石由于长期的反复炎症刺激，还有一些肾结石会发展成肾癌，通常是鳞癌，但手术和其它的疗法对疗效都很低，而且愈合非常不好，因此肾结石合并肾囊肿并不是很严重。这种疾病要看患者的具体病情，如果出现了肾结石或者肾囊肿，一定要到正规的医院泌尿外科进行检查。
通常，肾结石、肾囊肿，不会对怀孕造成影响，但怀孕后，如肾结石或囊肿伴感染或疼痛等，也许会影响妊娠。因此，若患者孕前检查查出肾结石或囊肿，仍建议患者做细致检查，若结石能够在孕前得到治疗则为最佳。
孕期如有肾结石落入输尿管内，导致肾绞痛或频繁重复的泌尿道感染，对于怀孕有一定的影响，有些人甚至可引起流产，连死胎也会发生。肾囊肿通常对于怀孕会有较低的影响，但亦有部分可并发感染，会导致发热，这类患者孕前还需有所防范，减少疾病对身体的危害。
肾结石与肾囊肿的B超检查截然不同，具体区别如下：
肾脏囊肿与肾结石是两种截然不同的病症，其病因及发展与此种预后疗法截然不同。这两种病都有自己的特征，常规的尿路检测，一般都会进行b超的无创性和最简便的筛查。b超是一个非常有规律的囊肿，里面充满了液体，有一个很大的囊。超声波是指利用超声波的反射，来研究其内部的结构。肾结石大小不一，在超声波中，是一个很大的亮点，在后部，会出现一些强烈的回音。常规的B超是最常见的。有一项叫做KUB的腹部平片，结石位于肾部位，会呈现高密度影的不规则图像，正常的时候是看不到的，但是ct检查会更加清晰，特征也更加突出，这是一个高密度的肾盂肾盏。结石的形状和部位都是非常清晰的，囊肿是一种密度很高的液体，很容易分辨。
肾结石和肾囊肿是两种不同的病，是否会引起血尿需要根据病情的严重程度来判断。
两者的发展和肾中央的位置不同，肾结石位于肾盂内，而肾囊肿则在肾本质内，不在排泄体系内。肾结石一般会导致血尿，也可能是肉眼血尿，其具体的程度取决于患者的身体状态，例如混合性的炎性血尿。囊肿通常不会出现血尿，如果囊肿与肾盂肾盏相连，那么就会出现血尿，不过大部分时候都不会出现血尿。而另一种是先天性多囊肾，其内部存在着许多的囊肿，破裂进入肾盂和肾盏时会出现血尿。