治疗扁平苔癣可以选择药物治疗，中药治疗等。中药治疗能够调理身体免疫，中草药还能够祛风止痒，活血软坚。药物治疗，选择维生素、皮质激素类药等采用口服或者静脉注射的方式，可有效消除疼痛及炎症。
斑块：疾病出现还会出现一些圆或椭圆形的斑块，出现的比较多的地方会是舌背中份或两侧，几乎是保持对称的，有时也会是单侧性的出现。水疱：水疱的出现一般为粟粒状，多见于软腭，有时也会发生在别的部位。
扁平苔藓可以进行药物治疗，扁平苔藓是一种具有特征性的紫红色扁平丘疹可用维生素类药物、免疫调节类药物，消除疼痛及炎症。也可中药治疗，通过合理配方，中草药能够活血软坚，养营活血，祛风润燥。
而对扁平苔藓治疗，传统方法，治标不治本，且经常反复发作，都是因为没有明确病因。可通过360度全方位数字黏膜自动分析仪结合血液等相关检查进行综合检查，精确检查病情，明确病因，结合中西医结合免疫平衡治疗，依据个人体质所独特配制的纯中药方剂，通过内外兼治，提高免疫力。
扁平苔癣的危害很大。消化系统危害：表现为消化功能紊乱，或伴有肝、十二指肠溃疡等疾病。其他全身疾病：如心脏病、关节炎、泌尿系统疾病、女性月经不调、过敏、贫血等均有伴发。