进行卵巢囊肿手术要在月经干净之后的第三天进行手术，如果说时间上不允许，可以延迟几天，在做完手术之后，很可能会出现了病情反复发作的情况，因此术后饮食应该要保持清淡一些，不可以吃辛辣刺激的食物，也不可以吃海鲜，同时还应该注意做好个人卫生护理工作。
孕期卵巢囊肿大部分都是良性，浆液性，粘液性的囊肿，手术只是把囊肿拿掉，卵巢是不动的，所以不会影响怀孕。术后尽早下床活动，尽早排气，尽早进食。一个月内禁止同房，平时要多注意休息，注意饮食清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，以免影响身体的恢复。在月事干净三到七天之间进行手术切除这个囊肿就可以了。
治疗卵巢囊肿的时间，这个不固定的，如果两种的尺寸超过4公分，就需要积极的进行对症治疗的，卵巢囊肿多数考虑可能跟炎症或者体内的激素水平发生变化有关系，去当地正规的公立医院咨询清楚后进行检查治疗，病人要遵医嘱，不可自行进行药物治疗，并要定期进行复查，根据病情及时调整治疗方案。
卵巢囊肿的阴超是月经干净第3天，非月经期就可以，这时候检查的子宫内膜的厚度有很高的参考价值的。是否是巧克力囊肿，这需要结合子宫内膜厚度分析的，同时还需要看囊肿的内部细节。
卵巢囊肿检查什么时候都是可以做检查，只要卵巢上面有囊肿，就可以在B超下看出来，卵巢囊肿可以分为良性的囊肿，恶性囊肿，需要区分性质，良性的囊肿是不需要治疗的，观察就可以了。
通常情况下，检查卵巢囊肿的最佳时间是月经干净后两三天。具体情况分析如下：
检查是否有存在卵巢囊肿，最佳的时间为月经干净后两三天，因为在这个时间段检查，此时还没排卵，黄体还未形成，可以鉴别是卵巢囊肿还是生理性的黄体囊肿，其他时间检查，如果有也可能只是存在生理性的黄体囊肿，黄体囊肿在月经来了之后可能会自己消失，所以患者可以在月经干净后两到三天做检查，能对生理性的黄体囊肿进行区分。