子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
卵巢积液和卵巢囊肿区别：卵巢积液主要因器官组织或结缔组织增生而形成，卵巢囊肿因器官炎症分泌液积聚而成。但对输卵管积液和卵巢囊肿来说，两者是有联系的。即输卵管积液是输卵管的慢性炎症，时间久了就导致输卵管纤维化，增粗阻塞不通。如果输卵管两段不通便可形成输卵管积液。
巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，一般正常子宫内膜在宫腔，有的病人因发生外在型子宫内膜异位症引起。卵巢囊肿一般在腹腔中，比较轻，活动度较好，不像巧克力囊肿可导致盆腔广泛粘连，这是最主要、最大区别。
早孕有轻微的腹痛，是常见的生理现象。所以有一些孕妇早孕之后，会出现像来月经这样的隐痛。卵巢囊肿分为生理性的黄素囊肿和一些病理性的囊肿，比如卵巢的巧克力囊肿等。卵巢生理性黄素囊肿有时候可能会发生黄体破裂，造成急腹症。如果腹腔出血较多，疼痛比较严重，需要及时住院行手术治疗。