卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别就是卵巢囊肿分为生理性和病理性囊肿，生理性囊肿一般随访2到3个月可自行消失不需要治疗，病理性的囊肿一般是直径超过5厘米的囊肿，这个需要手术治疗。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，症状比较明显，一般以痛经为主。
卵巢囊肿比较严重。
巧克力囊肿和卵巢囊肿相比较而言，卵巢囊肿可能会更为严重一些。因为卵巢囊肿一般是由炎症引起的，或者是由细菌感染引起的。治疗是消除炎症，抑制细菌感染，将细菌消灭掉，治疗起来比较麻烦。而巧克力囊肿仅仅是子宫内膜的异位，并不是实质性的肿瘤，这个囊肿如果比较小的话，平时不用管它，注意观察就可以，如果比较大的话就需要做手术进行切除，做腹腔镜微创手术就可以，比较简单。
建议：患者要去加强体育的锻炼，去增强体质，多在阳光下运动，多出汗还能将体内的酸性物质，随汗液排出体外，避免形成酸性体质。做好计划生育，尽量少做或不做人工流产和刮宫。
可以引起严重的痛经，月经量增多，并且可以影响正常受孕。巧克力囊肿直径大于3cm，应做剔除手术，恢复正常排卵。直径小于3cm，症状轻微者，尽早怀孕，怀孕之后，体内孕激素水平升高，可以抑制卵巢囊肿巧克力囊肿生长。
卵巢囊肿巧克力囊肿对于年轻女性有生育计划者，巧克力囊肿直径大于3cm，应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，对于恢复正常排卵，恢复正常受孕功能有很大帮助。直径小于3cm，症状轻微者，尽早怀孕，怀孕之后，体内孕激素水平升高，可以抑制异位内膜生长，病灶发生萎缩。
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内陈旧性出血引起的，属于卵巢囊肿的一类。卵巢囊肿是一个比较大的概念，其成因比较复杂。医治的方法采取微创的手术结合药物医治，也可以在医生的指导下对症医治。
不一定。巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，在非月经期复查，平时要注意一下休息。