神经外科治疗的疾病主要包括中枢和周围神经系统，以及神经系统表面的附属结构的疾病，比如从脑部来讲，包括各种类型的颅脑的肿瘤、脑出血，以及脑部的感染、像脑脓肿，脑部寄生虫，以及脑部的功能性的疾病。
神经外科主要是治疗脑肿瘤，脑血管病和功能脑病等的科室，其中又细化出了功能神经外科，主要是采用手术的方法修正神经系统异常的分支，又称为生理神经外科或应用神经生理学，它主要是利用手术针对特定的神经根，神经通路和神经元群等进行治疗，改变其病理过程，重建神经组织的正常功能。
神经内科。首先需要明确是否存在外伤情况，如果存在外伤就需要神经外科检查。如果只是单纯头痛就是神经内科。头痛疾病中的一个症状，导致头痛的病因很多，如脑神经疾病、颅脑外伤或肿瘤、青光眼、鼻窦炎、贫血、感冒或感染性疾病等都可以引起头痛。引起头痛的原因很多如神经性头痛，血管性头痛，紧张性头痛，偏头痛或者局部五官科疾病引起的，需要根据病史和相应的体检像脑血流图，脑电图或者脑CT甚至内分泌检查确诊。建议去神经内科进行检查，然后根据症状线索查找病因，根据病因转入相关科室检查治疗。
神经外科主要看的是通过手术方式能够治疗的疾病，如肿瘤、血管病、先天畸形、脊柱和脊髓疾病，以及功能性疾病如癫痫，还有帕金森病等。神经外科是一个外科科室，都是以手术为特点。
脑外科和神经外科根本就没有什么区别，正确的称呼应该是神经外科，神经外科是外科的一个分支，主要是用于诊断，治疗，预防脑部，脊髓，周围神经病变的一门学科。主要是用于脑部，脊髓外伤，脑部肿瘤，或者是脑出血等疾病的治疗。
