临床上只有创伤性溃疡可以快速被治疗，治疗前明确创伤因素进行对症治疗，才能使溃疡快速愈合。除创伤性溃疡以外，其他溃疡均属于慢性疾病，治疗时间相对较长，口腔溃疡也不例外。复发性口腔溃疡具有自限性和复发性的特点，即发病后7-10天可自愈，间隔一段时间后可再次复发。
出现口腔溃疡需要补充维生素。口腔溃疡可能是精神因素导致的口腔溃疡、病毒感染造成的口腔溃疡需要是抗病毒治疗，创伤造成的口腔溃疡，烫伤造成的口腔溃疡，有针对性的进行补充。
采用局部治疗，同时结合全身的治疗，延长间歇期，缩短发作期，缓解疼痛。局部治疗以消炎止痛为主，促进愈合防止继发感染。局部可以使用消炎类药物进行治疗。对于经久不愈或者严重疼痛的溃疡，也可以进行粘膜下封闭注射。
多饮水、多漱口，睡前及晨起用软毛刷刷牙，保持口腔清洁，还可减少干燥引起的局部疼痛并滋润黏膜，缓冲酸性唾液，溶解粘稠的唾液，减轻吞咽困难。观察口腔黏膜情况，有无唇舌麻木、舌苔减少、出血、炎症和溃疡。大面积溃疡应禁食，应用全肠外营养。注意观察体温变化，早期发现感染，早期诊治。密切观察口腔溃疡变化，注意全身的皮肤。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。进行适当的体育锻炼，保持愉悦心情。口腔溃疡的局部保持清洁。
