肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。
中医是可以治好肛瘘的，肛瘘的挂线疗法，也就是中医的一个治疗方法，平时也要注意形成便秘，以免加重肛瘘的发生，要采用口服抗生素来进行治疗，加强营养，高蛋白饮食，多吃维生素含量比较高的食品，多吃新鲜的水果蔬菜在治疗期间一般是要多休息，多喝水。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
