应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。
需要注意肛门周围清洁卫生，可以考虑局部应用消炎膏治疗。建议可以考虑当地正规综合性医院肛肠外科检查看看，如果肛瘘持续不能恢复，可以择期手术治疗肛瘘。术后避免炎症感染情况。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。