儿童扁桃体切除手术可能伴随部分并发症，如术后创面的出血、疼痛或创面感染导致的发热。但任何一种并发症都在医学可控的范围内，均有合适的方法与手段予以解决。若患儿的扁桃体符合扁桃体手术切除的指征，如扁桃体过于肥大导致吞咽障碍、呼吸障碍或反复炎症，导致患儿免疫力无法正常建立。
小孩扁桃体切除后的后遗症一般是会出现自身免疫力下降，也有可能会出现发烧反复，但一般不会有太大问题。平时多注意。加强锻炼，注意休息，避免生病。手术很简单，因为是要麻醉，一般是没有痛苦的，这也是小孩子经常做的手术。
扁桃体切除是在全身麻醉下进行的。手术是在扁桃体上级开始，沿腭舌弓做切口，一直切到扁桃体下级，在悬雍垂腭咽弓处也做一个切口，在扁桃体被膜下钝性剥离扁桃体，并使用圈套器套下扁桃体，并对扁桃体手术创面进行止血治疗。
手术后的愈合过程一般需要2周左右，术后需要进食流质饮食2周。常见的并发症是术后出血，第一个易出血期是术后48小时内，大多是因为术中因扁桃体与周围粘连太重分离时损伤重、术后病人进食较硬的食物、咳嗽太剧烈或活动太剧烈等因素引起。可以饮用冷流食，比如说凉牛奶，米粥等，术后3天，可以饮用软食，比如面包，馒头，蛋糕等，当术后7天后，没有局部出血以及感染，就可以正常饮食了。
先切除扁桃体后再切除腺样体，同时在做腺样体切除手术时观察扁桃体窝的渗血情况以便及时处理。对于单纯扁桃体肥大、较少发炎的患儿可以采用低温等离子射频切除。对于反复发炎、粘连较重，或者肥胖咽腔狭小明显的患儿传统剥离手术效果更好。
小孩扁桃体炎不能吃鱼，扁桃体炎多是由于受凉感冒身体抵抗力下降，致病菌感染导致急性炎性反应引起的，鱼虾等属于腥膻发作之物，感染性疾病治疗期间不宜食用。建议在医生的指导下用药进行抗感染等综合治疗，并注意孩子的清洁卫生，多饮水。
