导致阴茎痛，最常见的原因就是包皮垢。包皮过长十分易于藏污纳垢，特别是包皮能分泌一种奇臭的白色分泌物，也就是包皮垢了。包皮垢长期刺激阴茎头，特别是冠状沟部，容易引起包皮炎以及龟头炎，而引发阴茎痛。
前列腺按摩可排空前列腺管内浓缩的分泌物以及引流腺体梗阻区域的感染灶，因此对顽固病例可在使用抗生素的同时每3-7天做前列腺按摩。多种物理因子被用作前列腺理疗，如微波、射频、超短波、中波和热水坐浴，对松弛前列腺、后尿道平滑肌及盆底肌肉，加强抗菌疗效和缓解疼痛症状有一定好处。
各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
前列腺主要是细菌感染引起的，治疗起来特别麻烦，前列腺可以导致睾丸炎，尿道炎，从而引起阴茎疼痛，目前治疗前列腺炎可以采取中药加西药相结合的方式，或者通过手术理疗的方法来治疗。
再次复发后可采用：病因治疗，如果由于阴茎感染引起疼痛，可以用抗生素进行治疗；如果因受到刺激导致阴茎疼痛，只要充分休息就可使症状减轻。理疗，热水坐浴等，可以促进吸收，改善血液循环，缓解症状。