病毒分。病毒在疾病开始时从血清和脑脊液中分离出来，但阳性率很低。死后，脑组织可用于分离病毒。可以进行补体结合试验：可以诊断出双倍血清化合物增加超过4倍或单次血清滴度为1:16或更高。
主要检查脑电图，头部ct，头部核磁。异常脑电图通常会出现明显的癫痫样的放电状况，像广泛的及慢复合波以及放光，放电等之类的阵发性的反应。在头部ct和头部核磁上能够发现一些原发的脑部的一些器质性病变。
症状加仪器诊断比较好。曾患有脑膜炎病史。临床症状出现肢体运动障碍、智力障碍、失语、眼球麻痹、吞咽困难等。结合神经电生理检查、脑脊液检查、脑电图检查、头颅MRI、CT等检查进行诊断。
化脓性脑膜炎：但冬春季节多见，病情发展较速，重者病后1～2天内即可进入昏迷。流脑早期即可见瘀点。肺炎双球菌脑膜炎、链球菌脑膜炎以及其他化脓性脑膜炎多见于幼儿，常先有或同时伴有肺炎，中耳炎，乳突炎，鼻窦炎或皮肤化脓病灶，而乙脑则无原发病灶。必要时可查脑脊液鉴别。
可以通过脑电图和核磁共振进行检查。脑电图通过安置电极于头颅皮肤，记录脑内发出的电波，癫痫发作，则脑电波发生特征性改变；核磁共振通过3.0T以上高场强核磁共振，可发现大脑结构特征性改变，判断癫痫病灶。
实验室检查。血液：急性期周围血液的白细胞计数显着增加，未成熟细胞可能主要由中性粒细胞存在。脑脊液，细菌抗原测定和其他选择性测试。包括：血糖，血尿，肝肾功能，血电解质。