需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿是由子宫内膜侵入卵巢引起的，卵巢充血，月经时卵巢出血会增多，可能导致破裂后肿大，巧克力囊肿比较大，保守治疗效果较差，可尝试中药脉调理，可能有效。调节心情。注意休息，饮食，少吃辛辣刺激，少喝碳酸饮料。多喝温蔬菜汤。热敷治疗。
建议按照医生的医嘱，今年相应的调理，同时注意在日常生活中少食辛辣刺激，生冷海鲜等食物。避免多吃刺激性强的食物，多吃蔬菜水果，补充维生素C。禁忌辛辣食物。新鲜蔬菜水果也要多吃。不宜常食刺激性、海产品等。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
