卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
轻微卵巢囊肿可以治好。卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，多由内分泌紊乱所致，平时生活作息规律，不要熬夜，不能偏食，不要乱吃减肥药物，坚持锻炼身体，增强体质，劳逸结合。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
卵巢囊肿是妇科常见病，卵巢囊肿是否需要进行手术切除，需要专业的医师进行判断，借助B超，CT，核磁等影像学检查、实验室检查结果判断肿瘤性质。卵巢单纯性囊肿，直径＜5公分，可观察2一3个月，如自行消失属于功能性囊肿，如持续存在，继续生长，则需手术治疗。
卵巢囊肿的化学治疗为卵巢囊肿的主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发，手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活，手术无法切除者，化疗可使卵巢囊肿缩小、松动，为再次手术创造条件。这是卵巢囊肿的治疗方法之一。
