发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。
咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感，扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。同时局部疼痛得更剧烈，同时伴有吞咽困难，还有吞咽疼痛更明确。
咽炎是发生在咽部的无菌性炎症，而扁桃体炎是发生在扁桃体的炎症感染，通常是细菌感染引起的，而且累及双侧扁桃体。临床表现也有所区别，慢性咽炎会出现咽部异物感、刺激性咳嗽、嗓子干痒不适，扁桃体发炎期间也会出现咽部异物感，但很少出现嗓子干痒的现象。扁桃体发炎的病人可能会出现体温升高，特别是儿童，而慢性咽炎不会出现体温升高。
咽炎是咽喉部的炎症，扁桃体炎是扁桃体发炎，扁桃体发炎容易发烧，病情进展比较快。慢性咽炎一般多表现为咽喉部的不舒服，有痰，早晨刷牙感觉干呕。扁桃体炎一般多见扁桃体的肿大，而咽炎多是咽喉壁滤泡的增生。
应该双管齐下，尽早使用针对性疗法分别治疗两种病情，以使身体尽快恢复。可以口服或者肌肉注射药物来控制咽痛，并且还可以含漱复方硼砂溶液，这对于减轻咽喉部位的不适感有很大的帮助。并且还可以使用药物涂擦咽壁以及扁桃体部位，这样能够促进炎症的消退，并且还可以起到收敛保护的作用。如果炎症已经侵袭了喉部和气管，还应该使用药物进行抗感染治疗，以尽快的控制病情。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。