一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
部分肛瘘是可以不用手术的，忌食有刺激性的食物，辛热之品易使肠胃发作湿热，多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等；加强肠蠕动而通利大便，调整胃肠气机。宜食蜂蜜，有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。宜食粗纤维食物，如芹菜、韭菜等。
肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
这种病严重。便后水洗，坐要悬空透气，养成定期温水熏蒸坐浴的习惯，只有这样，再加上注意饮食，不要便秘，不要辛辣，才会减少恶化。及时治疗肛隐窝炎和肛乳头炎，以避免发展成肛周脓肿和肛瘘。
肛瘘卧床休息的同时，可以每天适当下床活动，如缓慢行走，利于伤口的渗出分泌物流出来。对低位单纯肛瘘手术，创面不大的，可到户外散步、打太极拳、做深呼吸运动、练气功、做体操等。对于高位复杂性肛瘘的病人，在术后应坚持室内散步，以促进身体血液循环。当内口挂线完全脱落时，病人可以走出户外，做一些简单的健身运动，促进伤口修复。另外，病人可适当做一些提肛运动、弯腰、下蹲、爬楼梯运动，以加强肛门功能锻炼。
