一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
现在三甲专科医院治疗肛瘘都很好，可以放心治疗。若感觉肛门直肠附近有瘙痒，胀痛甚至流脓的现象，那就可能是得了肛漏，要尽快重视起来，否则可导致排便困难，身体消瘦，贫血等。造成肛瘘的原因有肛门裂反复感染，肛周脓肿，医治肛门直肠瘘的方法有肛瘘切开术，中药治疗，瘘管填塞术等。建议得了肛瘘的患者应该尽快前往公立医院医治，平常注意体育锻炼。
手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合，根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。