切勿轻视结肠炎比较好的治疗时间，治疗越早效果越好。结肠炎的众多，而多数人都不注意结肠炎的治疗。中医认为，结肠炎是由饮食不节、精神刺激、感受四时疫情，治疗不当、迁延日久、寒湿热功当量三邪蕴结而成。病程日久、反复发作、顽固难愈、易转癌变。
直肠粘膜水肿者，可用生理盐水、鞣酸、灌洗直肠。粘膜糜烂者，可涂醋酸可的松溶液或硝酸银溶液。括约肌、肛提肌痉挛者，可将温橄榄油注入直肠内。临床上，用蜂蜜、芝麻油各50-100毫升和黄霉液50-100毫升，隔一天交替保留灌肠，每天2次，有很好的疗效。
肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。
直肠炎在初期时是治疗时间。可采用中药理气舒肠方治疗，西药治疗，中西药结合灌肠。也可以采用心理疗法。可予高营养、低脂、少渣易消化饮食，白扁豆、苡米等煮粥，常食健脾养胃。