脑炎患者有后遗症之后，应该采用抗病毒药物治疗，采用抗病毒的药物治疗主要是为了提高患者的机体抵抗力，患者如果出现了高热情况，就应该及时的采用物理降温或者是退烧药进行治疗了。
脑炎后遗症的治疗包括康复训练，药物治疗，中医中药以及必要的手术治疗等。首先应该进行康复治疗，包括认知功能训练，主动和被动的肢体锻炼，另外应该联合心理医生进行心理干预治疗。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
患者要及时的补充卵磷脂。卵磷脂可以增强脑部活力，能够延续脑细胞出现的老化，还有护肝、降血脂、预防中风的作用。日常生活中蛋黄、豆制品中就含有丰富的卵磷脂，患者可以多吃些这样的食物。
如果肠子未每天蠕动，可在睡前喝些柠檬汁，每天还可以服用2汤匙橄榄油润滑疏通肠胃。足够的睡眠：确保有足够的睡眠，保证睡眠质量，睡眠太少会增加脑炎后遗症发作的可能性。
有偏瘫失语健忘、精神障碍等后遗症随着阿昔洛韦等一些新的抗病毒药物的推出目前只要治疗及时一般均能治好。但治疗不及时或治疗不当。仍可有后遗症在半年甚至数年后经过综合治疗仍能逐渐恢复。
