通常情况下，新生儿肺炎的治疗疗程一般会在7-14天左右，并且一般会在肺炎恢复期，可能会出现咳痰症状，并且在痰液生成的时候，新生儿一般不能主动排痰，可以在医生指导下使用雾化吸入的药物进行治疗，并且治疗时间一般会在7天左右，此时新生儿还需要住院20天左右，才可以出院，能够有效帮助清除肺内炎症病变，进而降低肺炎反复发作的可能性。
新生儿肺炎，出院恢复期时，要让宝宝有一个良好的居住环境，保证房间里的空气清新，并定期打开窗户进行换气。早上太阳升起后要打开窗户通风，至少要保证半个小时以上，但是要注意不要有对流风，否则会感冒。
如果有亲友来访，要尽量拒绝，特别是有呼吸道感染的人，以防孩子再发病。这些都会对新生儿的呼吸造成一定的影响。
属于受风寒的症状，如果没有发热哮喘等症状，就问题不大，一是多喂白开水，二是注意保暖；症状严重者，可以服用药物治疗，也可以到医院儿科观察治疗；如果有肺炎的症状，还要住院治疗。
主要是使用一些消炎的药物。注意保温，多给宝宝拍拍背，而且要经常变换体位。必要的时候采取吸氧，同时要补充能量，如果严重了发展为心力衰竭，那就要使用强心利尿，扩血管。必要的时候就要采取心电监护或者是使用激素类的药物了。
新生儿肺炎出院后感觉还是有痰考虑没有完全断根，宝宝是被他人传染引起的新生儿肺炎，会出现反复咳嗽，而且痰比较多，宝宝太小了，不会吐痰，只会吞进咽喉，而且会表现为明显的气喘，靠近都能听到鸣响的，入院治疗是积极的控制感染，还有平喘，以及止咳化痰处理。
新生儿肺炎出院后复诊要对孩子的体温进行监测，观察其症状，让医生对其进行肺部检查，以确定其恢复的情况。新生儿肺炎患者咳嗽咳痰、呼吸困难、鼻翼扇动等，有可能是因为没有彻底的治疗，或者是用了药物，需要重新做肺部CT检查、血常规检查、C反应蛋白检查。金黄色葡萄糖菌肺炎的治疗方法有头孢呋辛、万古霉素、氯唑西林等药物。当出现咳嗽咳痰时，可以口服盐酸氨溴索进行止咳化痰。