可能是吞食空气过多，宝宝用奶瓶喂食，吸时如果太急，容易吸入过多空气，奶嘴孔大小不当再加瓶身倾斜时，空气也会由奶嘴缝隙让宝宝吸入，以及宝宝过度哭闹时也容易导致胀气，都会出现肚子咕噜咕噜叫的情况。
胃肠功能不完善，导致的新生儿吃奶时肚子咕噜咕噜叫。是肚子着凉，新生宝宝常被包裹起来被大人抱在怀里，在抱着期间往往衣服会往上跑，使宝宝的肚子露了出来，而且晚上宝宝睡觉的时候也会踢被子，也容易使肚子受凉，导致宝宝肚子胀气。
一般情况下，肚子咕噜咕噜响还有点疼可能是胃肠炎、消化不良等原因造成的，具体内容如下：
1.胃肠炎：不良饮食习惯可能导致患者患有胃肠炎，多有腹痛、腹胀、腹泻等不适症状，患者可能会感觉肚子咕噜咕噜响还有点疼。患者应及时就诊，遵医嘱使用肠炎宁颗粒等药物来治疗。
2.消化不良：暴饮暴食可能会导致患者出现消化不良的情况，患者可能会有腹部饱胀、食欲下降等症状，可能出现肚子咕噜咕噜响还有点疼的情况。患者应在医生指导下使用大山楂丸、健胃消食片等药物。
喝酵素肚子咕噜咕噜可通过停止用药、日常调理等方式进行治疗，具体如下：
酵素是用小麦、米的胚芽以及大豆等植物原料,用乳酸菌或者酵母发酵以后所成的发酵食品，可以促进肠胃蠕动。喝酵素出现这一症状为正常现象，一般无需担心。如果伴有其他不适，应停止使用。
日常生活中，应该保持愉悦的心情，以清淡、易消化的饮食为主，适当运动，增强机体免疫力，避免食用油腻、辛辣类食物。
通常来说，肚子咕噜咕噜的叫可以通过调整饮食、物理治疗、使用药物等进行处理。
如果是因为饿了导致的肚子咕噜咕噜的叫，可以多吃点东西，避免生冷、辛辣等刺激性的东西；如果身体有寒湿之气，可以选择艾灸、拔火罐等治疗，也可以选择中医来调理，可以选择附子理中汤、黄芪建中汤、草果饮等，还可以口服乳杆菌、双歧杆菌等药物进行治疗。
半夜肚子咕噜咕噜响，考虑可能是因为饥饿引起的症状，可以吃点软的东西来改善。也有可能是肚子受寒引起的，可以通过热敷的方式来进行腹部的保温。也有肠胃炎、肠道菌群紊乱的表现，需要到当地的消化内科做肠镜检查，可以在医生指导下服用抗生素、肠道益生菌等药物进行缓解。
需要注意的是，如果患者半夜肚子咕噜咕噜响的情况比较严重，建议患者及时前往医院就诊检查。